Efter Lindholmen borgs nedläggning blev ladugården ett vanligt jordbruk. I slutet på 1500-talet drevs gården av fru Görvel Faddersdotter Sparre, en av Nordens rikaste kvinnor, med stora egendomar både i Norge och Sverige, och som på 1540-talet lät uppföra Torups slott. År 1601 övertogs Lindholmen av Sigvort Grubbe. Det var under dennes förvaltning som det kom en order från Kristian IV att riva Sandberga by vid Lindholmens ladugård.

1680 - 1725 utarrenderades Lindholmens ladugård till olika personer,bl.a. mag. Hindrich Mejer 1680, innan Erasmus Cleve 1725 friköpte egendomen. Från 1742 innehavdes Lindholmen av friherren Carl Georg Siöblad till Marsvinsholm. Denne drev en fråga hos Kammarkollegium om att få köpa samtliga kronohemmen i Svedala och få alla kronobönder att bli arrendatorer under Lindholmen. Det blev en långvarig strid, men den 1 september 1754 avled friherre Siöblad. Änkan, grevinnan Beata Elisabeth Stenbock, fortsatte emellertid hans kamp.Efter ett beslut i riksdagen den 6 juni 1761 fick bönderna dock rätt. Grevinnan Stenbock sålde i mars månad 1763 Lindholmen till majoren och baronen Henning Reinholt Wrangel, Näste ägare till Lindholmen var kammarherren Carl Wikman Tigerschöld, som tydligen hade dåliga affärer och 1774 tog han ett lån hos Riksens ständers bank och lämnade Lindholmen som pant. Han klarade inte av amorteringarna och 1779 sålde banken panten. Denna löstes in av friherren Johan Christopher Toll som redan ett år senare var tvungen att pantsätta egendomen till ett 60-tal bönder, arbetsbönder vid Lindholmen, för en tid av 199 år. Landshövdingen, greve Tage Thott till Skabersjö, uttog 1782 en stämning mot samtliga panträttsinnehavare under åberopande av adelsprivilegiets rätt att inlösa pantförskrivna egendomar. 1785 övergick Lindholmen i ätten Thotts ägo. Tage Thotts son Christian Thott och sonsonen Kjell Christoffer Thott.

1827 styckades gården i tre delar och såldes. Johan Daniel Kockum köpte Norra Lindholmen och hans son Peter Kockum, innehavare 1857-1891, förvärvade de två andra gårdarna, Södra Lindholmen och Lilla Lindholmen, omdöpt till Hildeslund efter hans hustru Hilda Cecilia Bergh.

Egendomen är därefter i familjen Herslows ägo.